Struga Kwilecka ma zlewnię całkowitą o powierzchni 48 km2 z dominacją terenów rolniczych i przepływa przez kilka jezior, w tym przez Jezioro Kwileckie. Analizowany odcinek odwadnia obszary zalesione. Badania zmian jakości wody Strugi Kwileckiej poniżej zrzutu oczyszczonych ścieków bytowych prowadzono w latach 2008–2011. Oczyszczalnia w Kwilczu posiada drugi stopień oczyszczania ścieków, które odprowadza poprzez staw sedymentacyjno-fakultatywny. Staw okresowo wpływa na podwyższenie stężeń fosforu w ściekach dopływających do badanego cieku. Pogorszenie jakości wody zaobserwowano szczególnie na stanowisku zlokalizowanym 100 m poniżej zrzutu. Na stanowiskach usytuowanych 350 i 700 metrów poniżej kolektora sytuacja poprawiała się pomimo niewielkich przepływów wody. Korzystne zmiany dotyczyły przede wszystkim wskaźników troficznych, takich jak fosforany rozpuszczone, fosfor ogólny, azot azotanowy, jak również przewodność elektrolityczna. Z uwagi na duże zacienienie koryta w cieku stwierdzono ubogi skład gatunkowy roślin wodnych (głównie trzcina pospolita) i minimalne powierzchnie pokryte przez inne taksony, w tym mszaki.